血尿的病因错综复杂，父母发现孩子存在血尿时常常缺乏相关的病史和伴发症状。因此临床的鉴别是非常重要的。有些小孩出现血尿是因为尿路以外的因素导致血液混入尿中所致，如月经或痔疮的出血等，这是需要加以除外的。而有些药物，如氨基比林等或有些染料所致的红色尿，临床可以通过镜下尿红细胞的检测以及隐血试验加以鉴别。
对于真性血尿，临床医生还应对出血的部位以及血尿发生的病因做进一步的检查，这就需要借助于血尿发生的病史，临床伴发的症状以及必要的实验室检查，尤其是影像学方面的检查，如B超、CT、同位素等来协助诊断。
对于一些经过检查仍然原因不明的血尿，除了定期随访外，一旦医生怀疑血尿来自于肾脏，则必要时可能要借助于肾组织活检来明确诊断。
